6060.
总被引:6,自引:0,他引:6
基于最小自由能模型的方法是计算生物学中RNA二级结构预测的主要方法,而计算最小自由能的动态规划算法需要
O(
n4)的时间,其中n是RNA序列的长度.目前有两种降低时间复杂度的策略:限制二级结构中内部环的大小不超过k,得到
O(
n2×
k2)算法;Lyngso方法根据环的能量规则,不限制环的大小,在
O(
n3)的时间内获得近似最优解.通过使用额外的
O(
n)的空间,计算内部环中的冗余计算大为减少,从而在同样不限制环大小的情况下,在
O(
n3)的时间内能够获得最优解.然而,优化后的算法仍然非常耗时,通过有效的负载平衡方法,在机群系统上实现并行程序.实验结果表明,并行程序获得了很好的加速比.… …
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